Советская власть в Эстонии продержалась до 18 февраля 1918, когда ее территория была оккупирована немецкими войсками. Воспользовавшись ситуацией, лидеры эстонской интеллигенции К.Пятс, Ю.Вильмс и К.Коник 24 февраля 1918 опубликовали манифест «О независимости Эстонии». Во время немецкой оккупации советские порядки были отменены, экспроприированные ранее земли возвращены помещикам. В середине ноября 1918 Германия передала управление Эстонией в руки Временного правительства под руководством Пятса. В конце того же месяца в Прибалтику для восстановления советской власти были направлены войска Красной Армии. В результате 28 ноября 1918 была завоевана Нарва, и на следующий день было провозглашено государство Эстляндская Трудовая Коммуна во главе с председателем Совета Коммуны Я.Анвельтом и заведующим Управлением внутренних дел В.Кингисеппом. Одновременно по всей Эстонии при поддержке США и Великобритании развернулась вооруженная борьба против частей Красной Армии. 5 июня 1919 правительство Эстляндской Трудовой Коммуны прекратило свое существование.

После 13-месячной освободительной войны против Советской России (28 ноября 1918 – 3 января 1920) 2 февраля 1920 между РСФСР и Эстонией был подписан Тартуский мирный договор. Согласно первой конституции, Эстония провозглашалась демократической республикой, в которой власть принадлежала однопалатному парламенту. В декабре 1924 Эстонская коммунистическая партия, действуя в соответствии с инструкциями председателя Коминтерна Г.Е.Зиновьева, подняла вооруженное восстание, которое было подавлено. Подъем национального движения, совпавший с мировым экономическим кризисом начала 1930-х годов, способствовал распространению в Эстонии консервативных идей. 12 марта 1934 был совершен государственный переворот. К власти пришла национальная буржуазия во главе с К.Пятсом и И.Лайдонером. К осени был распущен парламент, а впоследствии запрещены все действующие политические партии. Фактически установился режим диктатуры. В 1937 была разработана новая конституция, вступившая в действие с 1938. Она вернула Эстонию к парламентаризму, появилась возможность выбирать депутатов от оппозиции (хотя деятельность политических партий по-прежнему оставалась под запретом). Был введен пост президента, и первым президентом в апреле 1938 был избран Пятс.

Во второй половине 1930-х годов в Эстонии наблюдался быстрый экономический рост. Наиболее развитые отрасли промышленности – сланцевая, целлюлозная, фосфоритная – были переориентированы на германский рынок. В конце 1930-х годов главным экспортным партнером Эстонии стала Германия, куда поставлялась большая часть сельскохозяйственной продукции.

Дальнейшая судьба Эстонии была решена в августе 1939, когда был подписан советско-германский пакт о ненападении с секретными протоколами, согласно которым Эстония попадала в сферу интересов Советского Союза. 28 сентября 1939 Эстония заключила с СССР вынужденный договор о взаимопомощи, в соответствии с которым на территории Эстонии были размещены военные базы Советского Союза. 17 июня 1940 советское правительство предъявило ультиматум, за которым в августе того же года последовали ввод советских войск и аннексия всей территории страны.