Датой рождения вуза считается 25 ноября 1946 года, когда вышло постановление Совета Министров СССР о создании физико-технического факультета (ФТФ) МГУ. Новому факультету были переданы два здания в поселке Долгопрудный под Москвой. Через пять лет ФТФ закрывается. В официальных документах многих ученых - первых выпускников университета - записано: "окончил физический факультет МГУ". Но заложенную в основу факультета систему удалось отстоять.

В том же году на базе ФТФ был организован Московский физико-технический институт. В 1967 году вуз был награжден орденом Трудового Красного знамени, а в 1995-м получил статус государственного университета и стал именоваться Московский физико-технический институт (государственный университет).

С целью сохранения и дальнейшего развития системы подготовки научно-инженерных кадров высшей квалификации в МФТИ и учитывая, что за 50 лет деятельности создан уникальный научно-учебный комплекс на основе интеграции науки и образования, 10 ноября 1996 года было принято постановление Правительства России "О Московском физико-техническом институте (государственном университете)", в котором в качестве основной задачи института определена "подготовка магистров и кандидатов наук по современным направлениям науки и техники". В соответствии с этим постановлением, начиная с 1998 года, университет начинает подготовку и выпуск бакалавров и магистров.

В обучении студентов принимают участие ведущие академические, научно-исследовательские и отраслевые НИИ, крупные акционерные компании (базовые организации МФТИ). Преподаватели вуза — видные ученые, среди которых около 100 членов Российской Академии наук.

Сегодня вуз осуществляет подготовку по основной специальности «Прикладные математика и физика», а также по направлениям: «Системный анализ и управление», «Информатика и вычислительная техника». Прием осуществляется на базе среднего (полного) общего или среднего профессионального образования.

В структуре университета:
Факультет радиотехники и кибернетики.
Факультет общей и прикладной физики.
Факультет аэрофизики и космических исследований.
Факультет молекулярной и биологической физики.
Факультет физической и квантовой электроники.
Факультет аэромеханики и летательной техники.
Факультет проблем физики и энергетики.
Факультет военного обучения.
Факультет гуманитарных наук.

Институт предоставляет возможность получить второе высшее образование. Есть военная кафедра. Форма обучения — только дневная.

Институтский переулок, 9, г. Долгопрудный, Московская область, 141700, Россия.
Телефон: (095) 408 5700. Факс: (095) 408 6869.